Con un poco de paciencia puedes hacer tus propias composiciones de filtros para las tareas más comunes (extraer una pista de audio, codificar, cambiar de tamaño, etc.). Una vez que tengas tu composición de filtros guardada te puede venir bien la utilidad de línea de comandos 'Remove Path for GraphEdit', que elimina las referencias absolutas a carpetas que se guardan en los archivos GRF que genera GraphEdit. De esta forma podrás cambiar los archivos de sitio, o copiarlos de un sistema a otro, sin problemas.
En la documentación que se instala con el paquete tienes unos ejemplos de utilización de GraphEdit para solucionar problemas típicos de los vídeos AVI.